Desta vez, Nathan Drake, protagonista do primeiro jogo, não estará buscando respostas sobre seu misterioso ancestral, Sir Francis Drake, em uma ilha paradisíaca. Em vez disso, o herói embarca em uma aventura em que segue os passos de ninguém menos que o explorador Marco Pólo. O objetivo de Drake é encontrar um valioso item capaz de realizar um desejo de seu proprietário. Mas Nathan não é o único que está procurando o artefato.

Inimigos serão encontrados por toda a parte, em ambientes que agora se encontram muito mais variados que os da versão anterior. Mesmo com a possibilidade de enfrentar seus inimigos com ataques corporais ou usando armas, em alguns momentos, é recomendada total discrição. Graças a um novo recurso, Drake é capaz de passar despercebido por seus oponentes e evitar combates desnecessários que poderiam atrasar seu progresso.

Em momentos de pancadaria, você pode contar com a habilidade de cobertura, que agora está revigorada e com diversos aprimoramentos. O jogador também pode utilizar suas armas em diversas posições diferentes, algo que facilita os combates. Há também os mini-games de contexto, que já estavam presentes no primeiro jogo, que também sofreram diversas alterações.

A Naughty Dog está buscando usufruir ao máximo do potencial do PlayStation 3 com Uncharted 2: Among Thieves. Enquanto o original usava cerca de 30 por cento da máquina da Sony, a segunda versão deve aproveitar em 100%. Além disso, o jogo não traz nenhuma tela de carregamento (loading).